美ヶ原自然保護センターは1993年(平成5年)に、美ヶ原の植生・野生動物の生息種などの環境を、美ヶ原台上へ来ていただいた皆さんに知っていただき、自然保護の必要性と散策時に注意すべき事などをわかりやすくお伝えするための展示室を備えた施設として開館しました。
また、美ヶ原の自然保護レンジャーや、通年の自然観察、外来種駆除の拠点・経過報告の拠点として活用されています。